Wenn ein externes Unternehmen mit der Mitarbeiterbefragung beauftragt wird, geschieht dies meist, um eine umfassende Anonymität der Antworten zu gewährleisten. Doch die Tatsache, dass die Befragung von einem externen Dienstleister durchgeführt wird, genügt in vielen Fällen noch nicht, damit die Mitarbeiter auch tatsächlich unbefangen antworten können. Je kleiner das Unternehmen ist, desto schwieriger ist es, die Fragebögen so zu gestalten, dass niemand sich identifizierbar fühlt. Auch bei kleinen Abteilungen oder weit verteilten Standorten ist es oft möglich, anhand der Antworten auf die Personen zu schliessen. Wenn eine Identifikation auf keinen Fall auszuschliessen ist, müssen die Mitarbeiter vor allem Vertrauen in den Anbieter der Befragung fassen. Dieser muss dafür einstehen, dass tatsächlich nur die Ergebnisse und nicht die jeweiligen Antwortbögen an die Unternehmensleitung weitergeleitet werden. Doch auch bei der Erstellung der Ergebnisse ist auf eine Anonymisierung zu achten.

Generell gilt, wenn mehr als vier persönliche Fragen gestellt werden, ist jeder Teilnehmer der Umfrage eindeutig zu identifizieren. Diese Bestandteile der Umfrage sollten also auf das Notwendigste beschränkt werden. Geht es um die Zufriedenheit, ist es aber zum Beispiel wichtig, wie lange ein Mitarbeiter schon im Unternehmen arbeitet. In Abteilungen von weniger als zwanzig Personen genügt dies nicht selten schon, um einzelne Personen eindeutig zu identifizieren. Der Veranstalter der Umfrage muss also Gruppen schaffen, die möglichst gleichmässig auf mehrere Personen zutreffen. Es ist zum Beispiel möglich, nur zwischen langer und kurzer Mitarbeit zu unterscheiden und die Grenze zum Beispiel bei zehn Jahren festzulegen. Solche Gruppenbildungen stärken das Vertrauen in die Anonymität und garantieren ehrlichere Antworten.